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为做好试点工作，国家发展改革委、水利部制定并印发了《农村小水电扶贫工程试点实施方案》，要求各地按照方案要求做好试点项目筛选工作，于2016年5月25日前提出试点项目的投资计划，并以打捆方式(包括小水电扶贫电站装机规模、中央预算内投资需求、带动贫困户增收情况等)报送国家发展改革委、水利部。
实施方案提出，农村小水电扶贫工程是以帮扶贫困村和建档立卡贫困农民脱贫为目标的公益性工程。综合考虑我国各级公共财政投资能力和扶贫电站筹资等因素，项目资金筹措主要包括国家投资和企业自筹(含银行贷款)两部分。项目建设资金由项目法人负责落实，中央安排预算内补助投资每千瓦4000元。鼓励扶贫工作任务重的省积极落实省级财政投资，扶持农村小水电扶贫工程建设。