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体制机制创新。近年，重点水利工程建设呈现投资大、项目多的特点，同时也带来建设管理的新情况，比如基层建管力量薄弱、设计变更较多、安全监管难度大。解决这些新问题，要靠体制机制创新。要继续推进代建制、集中监理制，进一步提升基层水利建管水平；要针对重大设计变更管理、强制性条文管理等存在的问题，出台水利项目初步设计文件技术审查实施方法或细则等制度，规范重大设计变更报批工作；要强化在建工程安全监管，推动安全生产监管标准化、制度化建设。
管理理念创新。全国水利工程众多，投资巨大。以江苏为例，“十三五”期间，江苏规划建设水利项目总投资将达1200多亿元，仅入海水道二期工程就达300多亿元。对数量庞大的水利工程如何加强监管，怎样提高效率？这就需要创新管理，向管理要成效。在互联网+、大数据时代，信息化管理方式应该成为我们今后加强工程建设管理的重要手段，要利用信息化方式、智能化手段，实现对工程建设进度控制、资金支付、质量安全监管、档案整理等全过程管理，切实提升工程建设管理效率。
科学技术创新。科学技术是第一生产力。科学技术迅猛发展，对重大水利项目的保障、促进作用越来越大。比如江苏新孟河、入海水道二期等具有全国影响力工程，科技创新为打造精品工程提供了很好的条件。针对工程建设难点，联合科研院校，积极开展新材料、新技术、新工艺的科研攻关，积极推动科研成果转化和运用，必能推进水利工程建设又好又快，充分发挥社会、经济效益。