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《办法》明确实施大中型灌区改造的主要目标是完善灌排工程设施，提高灌区输水、配水效率和灌排保证率，改善农业生产条件；促进健全灌区管理体制机制，增强灌区运行管理能力和水平，促进提高农业综合效益和农民增收。主要建设内容包括渠首工程改建、加固，骨干输水渠道、排水沟开挖、疏浚、衬砌及其建筑物配套完善和更新改造等。同时，可根据需要适当安排灌区量测水设施、管理信息化、灌溉试验站等建设任务。
《办法》规定大中型灌区改造项目前期工作程序分为可行性研究和初步设计两个阶段。灌区管理单位（或项目法人）根据经批准的总体规划或总体实施方案，按灌区整体或分期编制项目可行性研究报告。工程可行性研究报告审批完成后，灌区管理单位（或项目法人）应按要求编制工程初步设计。项目前期工作具体程序由各省级水行政主管部门、发展改革部门确定。
《办法》明确大中型灌区改造项目建设资金由中央、地方共同承担。中央对东、中、西部地区实行差别化的投资补助政策，地方投资落实由省级负总责，鼓励和吸引社会资本参与项目建设和运营管理。灌区管理单位（或项目法人）在完成项目可行性研究报告审批后，按程序向省级发展改革、水行政主管部门提出项目建设资金申请。大中型灌区改造项目建设按规定实行项目法人责任制、招标承包制、建设监理制、合同管理制、竣工验收制等建设管理制度。鼓励实行“代建制”。
《办法》要求大中型灌区改造项目竣工验收后，应及时办理工程管理移交手续，明确管理主体，制定管理措施，落实管理经费，建立健全良性运行机制，保证工程充分发挥效益。各地要深化灌区建设管理体制改革，探索多样化的工程管理模式，逐步提高灌区工程建设管理维护的社会化、市场化和专业化水平。大中型灌区改造项目完工后新增加的灌溉面积，要列入基本农田保护区，依法进行保护。对改造完善的灌排工程设施要及时确权划界，建立管护制度。
《办法》的修订出台，是落实中央兴水惠民部署的实际行动，必将进一步加快大中型灌区配套改造步伐，加强建设管理，深化灌区管理体制改革，促进良性运行，为提高粮食综合生产能力、促进现代农业发展奠定更加坚实的水利基础。